Höhenangaben ersetzen durch SRTM-Werte

[routeconverter]

Ich habe im Verzeichnis unter %USER_PROFILE%\.routeconverter weitere Unterverzeichnisse angelegt:

ferranti1
ferranti3
srtm1
srtm3

Das hättest Du gar nicht müssen, da RouteConverter das erledigt.

Im Unterverzeichnis ferranti3 habe ich zwei weitere Unterverzeichnisse angelegt:
J34
N32

Im Unterverzeichnis N32 beispielsweise liegen die Dateien
N53E009.hgt
N53E010.hgt

Da ist der Fehler: Die .hgt Dateien müssen direkt im Ordner liegen.

1. Darf ich diese Unterverzeichnisse überhaupt anlegen, um ausgewertet werden zu können?

Nein.

2. Müssen die hgt-Dateien vielleicht alle zusammen direkt (ohne Unterverzeichnisse) in %USER_PROFILE%\.routeconverter abgespeichert werden?

Eigentlich solltest Du Dich darum nicht kümmern müssen. Die Dateien für SRTM1 werden z.B. mit dem Muster %USER_PROFILE%\.routeconverter\srtm1\XXXXXXX.hgt gesucht, wenn sie dort nicht liegen werden sie heruntergeladen von den NASA-Servern.