Waypoints und Trackpoints

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Macht es aus Deiner Sicht Sinn, dass man in der Positionsliste mit Track-Ansicht einzelne trackpoints in waypoints umwandeln kann, bzw. sie mit einem flag versehen kann, dass sie als waypoints in die GPX Datei geschrieben werden?

Nein. Jegliche Magie/Umformungen beim Speichern führen zu Verwirrungen beim Nutzer, da er nach dem Speichern andere Informationen sieht als vorher. Das war vor 2.0 anders, da das UI zuvor konsequenter auf Öffnen/Manipulieren/Speichern ausgelegt war.

Was Du machen kannst, ist, die Routenpunkte zu kopieren in eine weitere Positionsliste, deren Typ Du auf Wegpunkte setzt.